Epigrafi
Assai significativo è il nucleo dell’epigrafia cristiana di IV-V sec.: una serie di lastre funerarie provenienti da Quadrelle, luogo in cui Agapito, giovane martire patrono della Diocesi, ricevette sepoltura dopo la decapitazione avvenuta il 18 agosto del 274, sotto l’imperatore Aureliano, e dove sorse una primitiva basilica per il culto del santo.
Argenti
Il tesoro della Cattedrale composto di calici, patene, turiboli, ostensori, ex voto, cartegloria, costituisce un consistente nucleo della collezione museale. Notevole il busto reliquiario in argento dorato di sant’Agapito, fatto realizzare nel 1588 dal cardinale Marcantonio Colonna; bello il piatto d’argento del sec. XVI, sbalzato, cesellato e inciso con un’iscrizione in caratteri gotici; ricchi di rimandi simbolici e ornati di pregevoli decorazioni i calici ottocenteschi.
Confraternite
Nella sala dedicata alle Confraternite viene raccontata, attraverso oggetti e due pregevoli pergamene del 1574 e del 1608, la vita associativa di diverse Fraternitae, che vantano antiche origini e una consolidata tradizione a Palestrina; in questa sala c’è anche una pregevole statua in cartapesta colorata della Madonna di Loreto.
Pinacoteca
Tra i dipinti, di grande qualità il quadro della Madonna del velo attribuito alla scuola del Perugino, proveniente dalla chiesa di San Nicola di Bellegra, quello di san Girolamo e il San Giuseppe falegname (1670) di Andrea Ruggeri, entrambi dalla chiesa di San Nicola di Genazzano. Sono raccolte in due sale al piano superiore interessanti tele di cardinali, che ressero la Diocesi prenestina, e ritratti di vari pontefici.
Paramenti
Di particolare valore ed eleganza sono i piviali e i paramenti liturgici, quasi tutti del sec. XVII, appartenuti ai cardinali vescovi Alessandro de’ Medici, Benedetto Giustiniani, Antonio Barberini Jr. e Alessandro Cybo, degli inizi del 1700 la tunicella viola con lo stemma del cardinale Portocarrero.
Sala dei Cardinali Vescovi
In questa sala un nuovo allestimento ha riguardato l’esposizione di volumi dell’antico fondo della Biblioteca del Seminario diocesano, alcuni recentemente restaurati grazie ai fondi dell’8×mille della Cei.
Al centro del percorso espositivo il graduale del 1499 in due volumi dalla Collegiata di Sant’Andrea apostolo a Paliano, edito da Lucantonio Giunta fiorentino, e stampato a Venezia.
Nella teca della parete di fondo anche una copia del Missale Romanum di Pio V, edito a Vienna nel 1872, capolavoro in grande formato del tipografo Heinrich Reiss, Initialibus literis et Imaginibus in variis coloribus splendidissime exornatum.